Integralni deo kontrolnog sistema koji je specifičan za okruženje kompjuterskih informacionih sistema, pored opštih čine i aplikativne kontrole. Dok se opšte kontrole odnose na celokupni ambijent u kome se kompjuterski sistem razvija i koristi, aplikativne kontrole čine kontrole na nivou kompjuterskih programa.
Aplikativne kontrole su dizajnirane tako da osiguraju da su sve transakcije odobrene od strane ovlašćenih osoba, da su u potpunosti i tačno obrađene i memorisane, da je integritet podataka u datotekama sačuvan i da su imovina i sa njom povezani dokumenti i zapisi zaštićeni od fizičkog gubitka, krađe ili neovlašćene manipulacije.
Prema tradicionalnoj  podeli, u osnovne aplikativne kontrole spadaju: kontrole unosa, kontrole obrade i kontrole izlaza.
Cilj revizora pri razmatranju aplikativnih kontrola je da proveri da li aplikativne kontrole ostvaruju postavljene kontrolne ciljeve i, ukoliko je potrebno, da ponudi preporuke za njihovo poboljšanje.
Da bi se postigli postavljeni kontrolni ciljevi, potrebno je da postoje zadovoljavajuće kontrole nad svim elementima sistema: unosom, obradom i izlazom. Ovi ciljevi odnose se na pouzdanost, integritet i raspoloživost zapisa koje kompjuterski sistem obrađuje.