Kao i svaki drugi uređaj i NAS uređaj mora da poseduje sopstveni fajl sistem, odnosno aplikaciju za čuvanje fajlova u hijerarhijskoj strukturi i njihovo preuzimanje. To je u suštini aplikacija, koja korisnicima treba da omogući da na NAS uređaju uskladište, ažiriraju ili pregledaju podatke  sa svog računara koji se nalazi na udaljenoj lokaciji. Pri tome klijent ima utisak kao da radi na sopstvenom hard disku. Ovde se kao na slici, najčešće koristi JUNIKS fajl sistem koji se bazira na open, rid, vrajt i klouz poziva i deskriptorima fajlova.