Уставни суд има надлежност да одлучи да ли је било која одредба устава или закона једног ентитета сукладна са Уставом Босне и Херцеговине. Иако Устав, чланак VI.3.а алинеја 2, експлицитно говори само о "одредбама закона ентитета", сљедећи обавезу Суда "да Суд подржава Устав Босне и Херцеговине", овим се од оцјене уставности не искључују и закони које доноси Парламентарна скупштина Босне и Херцеговине. Исто тако, Суд је надлежан да испита да ли је одлука ентитета да успостави специјални паралелни однос са сусједном државом сукладна са овим уставом, укључујући и одредбе које се односе на суверенитет и територијални интегритет Босне и Херцеговине. 
Уставни суд је надлежан у питањима која му је прослиједио било који суд у Босни и Херцеговини у погледу тога да ли је закон, од чијег важења његова одлука овиси, компатибилан са Уставом Босне и Херцеговине, Еуропском конвенцијом о људским правима и темељним слободама и њеним протоколима или у погледу постојања или домашаја неког опћег правила међународног јавног права. Поменути суд који је прослиједио питање Уставном суду обавезан је поступити сукладно одлуци Суда. Исто тако, Суд је надлежан у случају "блокаде" Дома народа Парламентарне скупштине Босне и Херцеговине по питању виталног интереса једног од конститутивних народа, што представља по много чему атипичан вид надлежности, јер се практично на овај начин успоставља однос између "уставносудске" и "законодавне власти". 
Уставни суд је надлежан да оцјени уставност закона које је донио Високи представник за Босну и Херцеговину супституирајући домаће власти. Разматрајући наведени захтјев, Суд је истакао да овласти Високог представника произилазе из релевантних Резолуција Вијећа сигурности Уједињених нација и Бонске декларације. Међутим, у конкретном случају, он је интервенирао у правни сустав Босне и Херцеговине супституирајући домаће власти и у том погледу он је дјеловао као власт Босне и Херцеговине, а закон који је он донио је природе домаћег законодавства, те се мора сматрати законом Босне и Херцеговине. 
У оквиру цјелокупне надлежности подржавања Устава, као и Правила Уставног суда, није регулирано дјеловање Суда по властитој иницијативи код оцјене уставности закона. 
Исто тако, Уставни суд је заузео стајалиште да није у духу Устава Босне и Херцеговине и правног поретка да дозволи испитивање апелације којом се побија одлука ентитетског уставног суда. Ако би се испитивала одлука ентитетског уставног суда, донесена из апстрактне надлежности уставног суда, то би у конкретном случају значило да се кроз "апелациону надлежност" Уставног суда допусти поновно испитивање "уставности" коначне и обвезујуће одлуке уставног суда, што свакако не потпада под надлежност Уставног суда Босне и Херцеговине. 
Као што сам напоменула, због сложене унутарње структуре