модифициране Уставом Босне и Херцеговине, поред Уставног суда Босне и Херцеговине, имамо и ентитетско-уставне судове, и то: Уставни суд Федерације Босне и Херцеговине и Уставни суд Републике Српске. Према Уставном суду Босне и Херцеговине, све функције и овлаштења која нису повјерена институцијама Босне и Херцеговине припадају ентитетима. Федерација Босне и Херцеговине се састоји од кантона са веома широком аутономијом, а ако се томе дода и сложена структура локалне самоуправе (опћине и градови) сучељавамо се с ријетким примјером сложене државне структуре из чега произлази и изнимно комплицирано дистрибуирање надлежности између пет разина устроја власти. Република Српска по свом устројству разликује се од Федерације Босне и Херцеговине, централистички је организирана и нема кантона и толико нивоа власти. Не улазећи овом приликом у разлоге креирања овакве структуре, не треба изгубити из вида да се то дешава и у времену транзиције из ранијег у нови сустав, да су на дјелу у различито вријеме различите интервенције међународне заједнице и да се у тим оквирима успоставља самоодржива економија и домаћа власт, те да се одвијају и процеси укључивања у еуро-атлантске интеграције. 
Уставни суд Федерације надлежан је да рјешава спорове између различитих разина власти насталих између појединих федералних институција, између кантона, између кантона и федералне власти, између града и његовог кантона или федералне власти, између опћине и града, између опћина и његових кантона или федералне власти и између институција федералне власти или унутар појединих институција федералне власти, затим оцјену уставности федералног закона, било да је усвојен од стране оба дома Парламента Федерације Босне и Херцеговине или је у приједлогу, затим оцјену уставности кантоналног устава или кантоналног закона кога је усвојило то законодавно тијело, затим предложеног или усвојеног прописа који је донио орган федералне, кантоналне или опћинске власти. 
Исто тако, Суд је надлежан за одлучивање о уставном питању које се појави у поступку пред Врховним судом Федерације или пред кантоналним судом. Надлежан је да одлучује о смјени предсједника и допредсједника Федерације Босне и Херцеговине, након што о подношењу таквог захтјева одлуче оба дома двотрећинском већином гласова, као и о приговору на одлуку надлежног суда којом се одлучује о имунитету. Захтјев за давање мишљења о одређеном питању, Уставном суду могу поднијети само замјеници премијера Федерације БиХ. 
Одлучивање о виталном националном интересу на разини Федерације, кантона и града Мостара, такође је у надлежности Уставног суда. То се дешава у случају када двотрећинска већина једног од клубова конститутивних народа у Дому народа Парламента Федерације БиХ, скупштини кантона, градском вијећу, сматра да се предложени закон