Postoje brojni instrumenti, odnosno mera agrarnog protekcionizma, a u zavisnosti od ciljeva podela se može izvršiti na sledeći način:
Ograničavanje uvoza koje se realizuje korišćenjem mera kao što su carine, prelevmani, razni oblici kvantitativnih ograničenja uvoza, primena deviznih kurseva, kvalitativna ograničenja u vidu standarda i drugi.
Podsticanje izvoza koje se ostvaruje primenom mera kao što su izvozne subvencije, upotreba višestrukih deviznih kurseva, državni trgovinski aranžmani i drugi,
Direktno podsticanje domaće proizvodnje koje se postiže putem subvencionisanja domaće proizvodnje, prvenstveno primenom viših cena od stvarnih tržišnih cena na domaćem ili međunarodnom tržištu. Najčešći oblici subvencija su premije, regresi, kompenzacije, poreske olakšice i drugi.
Nominalni nivo zaštite se odnosi na udeo direktnih zahvatanja pri uvozu, dok efektivna zaštita obuhvata i sve vrste direktnog i indirektnog subvencionisanja proizvodnje.