Za sistem interne kontrole karakterističan je kontrolni rizik. Kontrolni rizik je rizik da može doći do pogrešnih iskaza stanja na računu ili vrste poslovnih događaja koji uzeti pojedinačno ili kumulativno  mogu biti materijalno značajni, a koje računovodstveni sistem i sistem interne kontrole neće blagovremeno sprečiti, otkriti i ispraviti.  
Sa svakim sistemom interne kontrole povezan je određen stepen rizika. Nemoguće je naći kontrolnu strukturu koja je stopostotno efektivna i kojoj se ne može desiti greška. Delotvorne ili efikasne kontrole strukture nose relativno niži rizik greške, dok manje delotvorne kontrolne strukture nose relativno viši rizik.
Revizor je u prilici da proceni da li delotvorno funkcioniše sistem interne kontrole. Ako revizor oceni da su politike i procedure brižljivo planirane i da funkcionišu delotvorno, onda je u mogućnosti da izvede zaključak da je rizik od pogrešnog prikazivanja nizak i obrnuto. 
Kao primer interne kontrole u jednom preduzeću možemo uzeti inventarisanje. Ako se inventarisanje dobro sprovodi onda je manji rizik od grešaka u finansijskim izveštajima. To znači manji kontrolni rizik i, shodno tome, manji revizijski rizik. I obrnuto, loše sprovedeno inventarisanje povećava rizik od grešaka u finansijskim izveštajima. Samim tim, veći je i rizik da će revizor izraziti pogrešnom mišljenje.
Sistem interne kontrole se proučava na osnovu prethodnih iskustava sa klijentom, pregledom prethodnih izveštaja revizije, razgovorom sa zaposlenim osobljem, posmatranjem osoblja kad obavlja svoje dužnosti i slično.