prilikom postupka registracije one moraju podneti i prikaz osnovnog verskog učenja, verskih obreda i verskih ciljeva čime se praktično primoravaju na izjašnjavanje o verskim uverenjima. Upravo je osporena odredba člana 18 Zakona o crkvama i verskim zajednicama ta koja otvara mogućnost organima izvršne vlasti da ocenjuju kvalitet verskih učenja, obreda i ciljeva u samim postupcima registracije, a što je apsolutno nedopustivo sa stanovišta slobode misli i veroispovesti i ograničavajuće deluje na slobodu verskog organizovanja. 
Jednom inicijativom za ocenu ustavnosti Zakona o crkvama i verskim zajednicama osporen je i član 7 Zakona koji predviđa pružanje odgovarajuće pomoći od strane države za izvršenje pravnosnažnih odluka i presuda nadležnih organa crkava i verskih zajednica. Iako se kroz ovakvu obavezu države, posredno, otvara mogućnost zloupotrebe sistema prinudnog izvršenja kanonskih odluka donetih u postupcima koji najčešće ne poštuju pravila savremenog procesnog prava, a samim tim ni pretpostavke prava na pravično suđenje u smislu člana 6 EKLJP, Ustavni sud je bio mišljenja da, bez obzira što crkvene odluke ne mogu imati karakter izvršnog naslova, izvršna vlast, odnosno MUP Republike Srbije ima diskreciono pravo da odluči u svakom konkretnom slučaju da li će ili ne pružiti asistenciju u izvršenju neke odluke crkvenog karaktera. Imajući u vidu da odluke crkvenih organa proizvode dejstvo isključivo u sistemu autonomnog crkvenog prava, a ne i u sistemu pozitivnog prava, ovakav rezon Ustavnog suda je izuzetno opasan pošto direktno narušava princip odvojenosti crkve od države. 
Prilikom zauzimanja ovakvog stava, Ustavni sud je takođe smatrao neophodnim da prethodno odgovori na pitanje šta znači sekularnost u pravnom poretku Republike Srbije. Tumačenje suda jeste da se već sam ustavotvorac u tekstu Ustava odlučio za tzv. sistem kooperativne odvojenosti crkve od države. Takav sistem počiva na separaciji države od crkve, ali ujedno podrazumeva i priznanje mnogo-brojnih zajedničkih zadataka povodom kojih ova dva entiteta sarađuju, a kao što je npr. materijalno pomaganje crkava od strane države ili izučavanje veronauke u državnim školama. Imajući u vidu ovakvo stanovište Ustavnog suda, ne iznenađuje činjenica da se u ovoj odluci implicitno daje zeleno svetlo za proizvoljne ad hoc procene izvršne vlasti prilikom donošenja odluke o tome da li će se neka crkvena odluka izvršavati uz fizičku asistenciju policije. Štaviše, opredeljenje za tzv. sistem kooperativne odvojenosti crkve od države, u praksi znači uvođenje većeg stepena pravne nesigurnosti. 
Izveštaj Evropske komisije o napretku Srbije kao i Izveštaj o skriningu kаdа je reč o slobodi misli, sаvesti i veroispovesti ističu nedostаtаk trаnspаrentnosti i doslednosti u postupku registrаcije verskih zajednica kao jednu od glаvnih preprekа u ostvаrivаnju prаvа nekih verskih grupа. Pristup crkvenim službаmа nа nekim mаnjinskim jezicimа ne gаrаntuje se u potpunosti u prаksi jer jednako pravo na verske usluge na određenim manjinskim jezicima nije u praksi dosledno zagarantovano. 
Tradicionalne verske zajednice izuzete su od fiskalizacije, a Zakon o porezi-ma na imovinu kaže da su ove verske grupe oslobođene plaćanja poreza na nepokretnosti ako se one isključivo koriste za bogoslužbenu delatnost. To otvara pitanje crkvenih objekata i delatnosti koje očigledno nemaju veze sa bogosluženjem, kao što je na primer prenoćište ili kongresni centar koji za novčanu nadoknadu iznaj-mljuje Crkva svetog Pantelejmona, koja postoji kao turističko-svetovno-duhovni centar na Divčibarama